Problema

Un dominio adicional tiene algunos efectos negativos a la hora de generarlo, entre los cuales destaca que al añadir un dominio adicional a su vez se genera un subdominio y por otro lado también el dominio es accesible a través de la subcarpeta, por ejemplo:

www.tudominio.com/dominioadicional.com
dominioadicional.tudominio.com

Por lo demás un dominio adicional es 100% independiente, funciona de igual forma que el dominio principal y trabaja correctamente con cualquier aplicación que necesites.

Solución

Tener varios accesos posibles implica que el buscador puede considerarlos como webs diferentes con el mismo contenido con el consiguiente riesgo de que los buscadores lo consideren contenido duplicado y tus usuarios vean diferentes direcciones para una misma web.

Con el objetivo de resolver este problema vamos a redireccionar cualquier acceso que no sea desde www.tudominio.com hacia dicha dirección.

Nos dirigimos al directorio creado para el dominio adicional y comprobamos si hay dentro un fichero bajo el nombre .htaccess (si no lo hay lo creamos, recuerda un punto antes del nombre .htaccess).

Lo abrimos o descargamos para poder editarlo y añadimos el siguiente código arriba del archivo:

RewriteEngine on
RewriteCond %{HTTP_HOST} !www\.tudominio\.com$
RewriteRule [tudominio.com]?(.*) http://www.tudominio.com/$1 [R=301,L]

Ten en cuenta que donde dice tudominio.com debes modificarlo por el dominio adicional en cuestión.